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高通量BSP測序 (NGS-BSP)

項目介紹

重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段,對于大樣本量甲基化研究來說,更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目,具有更快速的實驗周期及低成本優勢。




技術優勢

高效靈活的目標區域甲基化檢測的工具

BSP和高通量測序完美結合,單堿基分辨率

適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目

適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高




科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
BSP流程圖.png

樣本要求:基因組DNA: >= 1 ug (20個區域/位點);樣品濃度>30 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:>100X


信息分析

基于靶向序列的甲基化分析,數據質控、5mC Calling

5mC在組間樣本的可視化, 多樣本甲基化聚類

與臨床樣本特征關聯分析等





分析內容

NGS-BSP.png








用心服務每一個項目

最早建立高通量BSP方法學及應用于大樣本甲基化驗證項目的團隊,
已完成人、小鼠、大鼠、豬等多種哺乳動物NGS-BSP測序分析項目

助力客戶在Genome biology, BMC genomics, Breast Canc Res Treat, DNA Research等雜志發表多篇論文

專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制,用心服務好每一個項目。


圖片 2.png


高通量BSP測序 (NGS-BSP)案例展示

案例分析一(團隊成員發表)

早產豬腸道DNA甲基化研究

Marked methylation changes in intestinal genes during the perinatal period of preterm neonates. BMC genomics. 2014; 15: 716.(IF=3.867)

一、研究背景

壞死性小腸結腸炎(NEC),多發于早產兒經配方奶粉喂養后。DNA甲基化與腸道的產前成熟有關,可能會導致早產兒發生NEC有關。

二、方法流程

1、取材:小腸中段全壁切片

足月產, 0d-term (n=2)

早產, 0d-preterm (n=2)

早產喂養4天健康, 4d-preterm (n=3)

早產喂養4天患NEC, 4d-preterm-NEC (n=3)

2、測序:簡化基因組甲基化測序(RRBS)

3、驗證:高通量BSP:差異甲基化基因

RTq-PCR: 基因表達差異

4、功能:

三、研究結果

1) 足月產與早產豬腸道甲基化變化很大,且隨著腸道成熟度增加,甲基化水平降低, 說明腸道成熟發育過程與甲基化密切相關;

2) 早產喂養配方奶后, 健康和患NEC豬的腸道甲基化差異很小

3) 結合高通量BSPRTq-PCR篩查到4個與腸道代謝相關的基因(CYP2W1GPR146TOP1MTCEND1),這些基因啟動子CpG島中顯著的高甲基化,進而導致了轉錄表達抑制,可能與早產兒腸道未代謝功能失調和NEC易感性有關;

4) 高通量BSP比傳統BSP結合克隆測序更適合目標基因甲基化檢測或者驗證, 更省時省力、更準確、成本更低, 更適合大量樣本甲基化驗證課題。

四、研究結論

出生前和出生后腸道DNA甲基化的變化可能導致早產兒的高NEC敏感性。通過環境刺激(如飲食、營養、腸道微生物群)優化基因甲基化變化,可能有助于使未成熟的新生兒對短期和長期的腸道功能障礙有更強的抵抗力。

 

                                             

        


1. 4組樣本整體甲基化譜圖                                                                      2. 差異甲基化區域及相關基因


                

 

                                       圖3. NGS-BSP與傳統BSP比較                                              4. NGS-BSP結合RT-PCR驗證差異甲基化基因及轉錄表達變化

 



 

案例分析之二

乳腺癌中48個基因的甲基化研究

Methylation profiling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015; 149(3):767-79. (IF=4.085)

一、研究背景

腫瘤特異的甲基化異常是腫瘤發生發展的早期事件,可以用來早期發現腫瘤或者進行分子分型。本項目中,研究人員通過高通量BSP方法富集48個候選基因啟動子區域,對180例中國乳腺癌患者進行測序分析,以尋找有價值的生物標記物

二、方法流程

1、取材:180對乳腺癌及癌旁組織

2、測序:高通量BSP

3、驗證:

4、功能:

三、研究結果

1) 48個基因中,有37個基因在腫瘤和正常組織之間差異甲基化,具有不同臨床病理特征的乳腺癌樣本顯示了基因甲基化的獨特特征;

2) 乳腺癌不同亞型甲基化水平顯著不同;

3) 聚類分析篩選出13個基因(CST6DBC1EGFRGREM1GSTP1IGFBP3PDGFRBPPM1ESFRP1SFRP2Sox17TNFRSF10DWRN)為候選生物標志物,構建乳腺癌高效率的癌癥預測模型;

四、  研究結論

本研究課題證實了DNA甲基化圖譜可以預測乳腺癌和對乳腺癌進行分子分型,DNA甲基化對于早期乳腺癌發現來說,是個很有價值的生物標記物。

 

    


                           圖1. Boxplot圖顯示差異甲基化基因                                                            2. Boxplot圖顯示48個基因甲基化在乳腺癌4種亞型間整體差異

 

 

 圖3. Boxplot顯示乳腺癌4種亞型間的PTGS2RUNX3甲基化差異


高通量BSP測序 (NGS-BSP)結果展示

簡化基因組測序

高通量BSP測序 (NGS-BSP)常見問題

簡化基因組測序

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